L’intestin grêle est garni d’une flore intestinale, évolutrice, composée de nombreuses bactéries utiles. Une de ses fonctions, c’est qu’il renferme une part importante des cellules du système immunitaire. Il est composé d’un système nerveux possédant des centaines de millions de neurones. C’est ainsi qu’il est souvent dénommé le second cerveau.
Il a la particularité de ne pas accepter le passage de molécules de taille importante. Ce qui permet un tri vital pour l’organisme. Il est capable de laisser sortir de la lymphe qui l’entoure divers déchets du métabolisme, jouant alors un rôle épurateur complémentaire à ceux du foie et des reins. L’intestin grêle possède de nombreuses bactéries qui vont intervenir dans les processus de transformation des aliments. Cette « flore intestinale » se constitue à la naissance et va évoluer en fonction de la qualité des aliments ingérés. C’est dire si la flore peut se détériorer ou s’améliorer selon le mode alimentaire.